プライバシーモード設定時に、プライバシー対象からの新着通知がない場合でも、ステータスバーの電池アイコンが変化しています。

ご指摘の動作は以下の場合に起こります。

「プライバシーモード設定」-「その他の設定」-「アプリケーション通知動作設定：通知なし（全アプリ）」でプライバシーモードを設定しているときに「すっきり目覚まし」のような起動時にステータスバーに通知が表示されるアプリご利用時。

または、
「プライバシーモード設定」-「その他の設定」-「アプリケーション通知動作設定：通知なし（ホーム連動）」でプライバシーモードを設定しているときに「すっきり目覚まし」のような起動時にステータスバーに通知が表示されるアプリを「プライバシーモード設定」-「その他の設定」-「ホーム設定」にて非表示にしたいアプリとして設定時。

プライバシーモード設定時に、プライバシー対象からの新着通知がない場合でも、ステータスバーの電池アイコンが変化させないためには、上記の設定以外の方法でプライバシーモードの設定を行ってください。